《摩斯拉2：海底大决战》是由三好邦夫导演的一部电影。小林惠、山口纱弥加、羽野晶纪、满岛光和野波麻帆是电影的主要演员。故事发生在某一天，沖縄的海洋里突然出现了一种奇怪的生物。这个看起来像海星的怪物释放出毒液，伤害了渔夫，并迅速在整个日本扩散开来。原来，这个奇怪的生物是传说中尼莱加奈伊文明创造的一种生物净化系统，用于解决环境污染问题。然而，因为失控，它导致了尼莱加奈伊文明的灭亡，也预示着怪兽达格拉的复活。

埃利亚斯姐妹察觉到地球的危机，来到石垣岛，那里出现了来自尼莱加奈伊的小生物哥哥。哥哥的尾巴上的装饰环告诉她们，在这里隐藏着一件宝物。她们还遇到了本土的偷猎者和保护哥哥的当地女孩。埃利亚斯姐妹得知尼莱加奈伊遗迹中有一件宝物可以打败达格拉，于是少女们、埃利亚斯姐妹、以及与姐妹对立的黑色妖精贝尔贝拉和偷猎者们各自组队出海。

在哥哥的引导下，尼莱加奈伊遗迹中的金字塔从海中浮现出来。然而，在她们寻找宝物的过程中，达格拉登陆石垣岛，并开始肆虐。埃利亚斯姐妹召唤摩斯拉来进行挑战。达格拉和摩斯拉在石垣岛上空进行空中战斗，然后又在金字塔附近的海底展开水下战斗。摩斯拉被擅长水战的达格拉拖入深海。达格拉将无数的贝雷姆寄生在摩斯拉身上，使其失去了战斗能力。埃利亚斯姐妹拼命试图摘除寄生在摩斯拉身上的贝雷姆，但贝雷姆的数量太多，简直没有尽头。摩斯拉陷入了绝境，宝物的发现变得迫在眉睫。

少女们和偷猎者们通过遗迹中的陷阱，最终来到了一个大厅。在大厅里，尼莱加奈伊公主的立体影像告诉她们，哥哥选择了名为汐里的女孩作为宝物的主人。然而，这时，达格拉袭击了金字塔！就在金字塔即将坍塌的时候，摩斯拉被哥哥的“命之水”力量拯救，摘除了寄生在身上的贝雷姆，并进化成了彩虹摩斯拉，再次与达格拉战斗。局势迅速发生了改变，这一次摩斯拉占据了上风。当达格拉再次潜入海中时，摩斯拉变身成水底摩斯拉，战斗地点转移到了海底。摩斯拉用屏障挡住达格拉的攻击，并对其进行强力打击。随后，摩斯拉进入分身模式，从达格拉的体内消灭贝雷姆。最终，摩斯拉成功击败了达格拉，达格拉和金字塔一起消失。摩斯拉从海洋中出现，恢复为原本的彩虹摩斯拉，并返回到幼年岛，危机终于过去了。