《终极忍者2006》是一部由邱礼涛导演，黄圣依、李子雄和黄子华主演的电影。故事发生在一个充满危险和阴谋的世界中。白赖仁（李子雄饰）野心勃勃，渴望掌控人类，并谋杀了领袖虎大介菊池博士，并夺走了神秘而强大的“赤盒”，但他无法打开它。 为了找到能够打开盒子的人，白赖仁派人抓捕音乐家高比（黄子华饰）。与此同时，菊池博士的学生女忍者香也追踪着高比，而芭蕉先生则派出爱徒小灵（黄圣依饰）暗中保护高比。 当三方势力在狭路相逢时，战斗变得激烈起来。小灵最终成功突围，在龙争虎斗中展现出非凡的实力。然而，在芭蕉夜间潜入白府企图偷取赤盒时失败，并且被虎大介夺去性命，还导致村民遭到屠杀。这一幕令人心痛的场景深深触动了高比，他决定以自刎来威胁白赖仁，终于阻止了他的残暴行径。 高比用乐曲打开了赤盒，白赖仁惊喜万分，以为掌握了控制人类的秘密。然而，小灵和女忍者香是否会就此罢手呢？剧情将继续展开……