电影《哥斯拉终极战役》由北村龙平导演，松冈昌宏、北村一辉和唐·弗莱主演。故事发生在数年前，人类使用超级战舰“轰天号”成功击败了南极的“哥吉拉”，并将其封印在地底下。然而，除了“哥吉拉”之外，地球上还有许多其他怪兽威胁着人类城市的安全。 为了对抗这些怪兽入侵，人类成立了“地球防卫部”。其中最强大的成员是当年封印“哥吉拉”的“轰天号”以及舰长道格拉斯·戈登上校。为了应对怪兽的攻击，“地球防卫部”特别选拔出具有特殊能力的个体加入他们行列。“超人类”的个体拥有普通人所没有的M染色体，并因此拥有比普通人更强大的身体素质和敏捷性。 不久前，在婴儿岛发现一个巨大怪物遗骸，它同时拥有机械和生物特性。据称这个怪物是被封印的“盖刚”，它的出现代表着人类面临危险。尾崎真一收到了来自“小美人”的警告，称这个怪物是外太空来的，并能将生物与机械结合。 盖刚出土后不久，全球范围内突然发生了各种怪兽攻击事件，地球防卫部忙得不可开交。然而神秘飞行器突然出现，并将所有怪兽带走，自称为“X星人”，声称他们是人类朋友，并希望与人类建立联盟关系。更令人震惊的是，“X星人”还声称地球即将遭受巨大行星撞击。 经过尾崎真一和道格拉斯等调查发现，并没有任何神秘行星即将撞击地球。事实上，那些怪兽根本就是外星侵略者释放出来的，“X星人”只是把人类当作食粮利用而已。 虽然外星侵略者被揭穿了真面目，但他们拥有不可思议的超能力，并且控制着巨大怪物。地球防卫军最终被歼灭，只剩下轰天号艰难存活。 此时，道格拉斯提出了一个大胆的计划：解封南极的哥吉拉，让代表地球最强大怪物的哥吉拉去面对这些外星侵略者……