《飞龙在天》是一部以清朝末年为背景的史诗般的故事，描述了在外敌入侵的动荡时代里，一段纷繁复杂的爱恨情仇和保家卫国的壮烈传奇。 故事始于清朝咸丰年末，当时大清因闭关锁国政策而岌岌可危，西方列强借助船坚炮利，强势入侵中国。在这场激荡的时代背景下，一段扶危济困、代代相传的故事在台湾艋忠义堂武馆上演。 忠义堂的大弟子魏永来，武艺超群却心胸狭隘，追求名利。老馆主看透了永来的心思，将馆主之位交给二弟子黄万里。永来感到受辱，离开师门投效清廷，誓言要报仇。某日，永来率领朝廷大军攻打忠义堂，老馆主被永来所害，忠义堂一夜之间被摧毁。 万里回到师门时发现师门已被毁，师父已亡，师兄弟们也不知所踪。万里四处寻找案情的线索，但无果。最终，他在鸡笼的徐老爷家中做护院。万里与徐家大小姐惠娘相恋，生下了一个儿子。然而，徐老爷得知真相后，派人将万里杀死，并让孙子漂流在水中。 幸运的是，万里被艋林家的女儿林阿雪所救。万里伤愈后与阿雪结为夫妻，在艋重新开了忠义堂武馆，继承了师门的遗志。 时光流转，已经是清光绪十年，台湾面临着法兰西国的威胁。此时，万里已将忠义堂经营得兴旺，成为北台湾著名的武馆。他的儿子黄飞虎英俊潇洒、武艺高强，是当地有名的少年英雄。与此同时，他的连襟林逢春成为艋有名的富商士绅。 一天，玉红从日本归来，看到阿牛身上的鞭痕，决定将其买下带回家。阿雪希望撮合飞虎和玉红，但玉红对阿牛关心备至，而对飞虎则冷淡。飞虎发现阿牛学武，决定将其赶出武馆。阿牛希望学武出人头地，请求万里收留他为徒。万里犹豫不决，飞虎提出了一个难题，要求阿牛抱起烫手的鼎炉才能入门。阿牛毫不犹豫，凭借一股勇气和决心接受了挑战。