《末世黑天使》第二季由导演詹姆斯·卡梅隆执导，主演杰西卡·阿尔芭和迈克尔·韦瑟利。上一季的故事中，Max为了摧毁基因库回到了Manticore。在那里，她相遇了自己的幼年版本，并且被心脏射中，陷入了危险中。幸运的是，Zack为了拯救Max的生命，捐出了自己的心脏。之后，Manticore搬迁到了一个秘密的退伍军人医院，继续进行研究和训练，同时开发了新一代的转基因人X6和X7。

由于Max摧毁了基因库，现在需要X5通过性行为来繁殖后代。而Max被分配与Ben的孪生兄弟做性伴侣，她为他取名Alec。然而，Max仍然没有放弃逃离Manticore的念头。她在自己的房间挖了一条通道通往地下室，那里隐藏着X5之前的转基因人。这些人融合了太多动物基因，与人类相比外貌相差很大。在地下室，她还遇到了最早由博士制造的第一个狗人——Joshua。在Alec和Joshua的帮助下，Max成功逃离了Manticore。

然而，Manticore在Max的身体注入了一种专门用来对付Logan的病毒。只要他们有身体接触，Logan就会被感染而死亡，而解药只有一支。为了拯救Logan，Max只能痛苦地与他保持一定距离。与此同时，Manticore发现Max的基因组合是最完美、没有任何缺陷的。神秘组织数千年来一直通过正常生育来繁殖并选择突变基因的优秀个体。而这个组织的一位成员脱离了组织后，创立了Manticore，就是Joshua所说的“父亲”。原来，Max是他精心设计的特殊存在。

随后，Max潜入了Manticore并彻底摧毁了该机构，同时释放了地下室中的所有X1-X7转基因人。第二季的故事从这里才真正开始展开。Max如何在无法与Logan接触的情况下保持他们的爱情？逃出来的转基因人如何在社会中生存？人们对非人类外貌的转基因人，如狗人Joshua这样的，是接受还是恐惧？神秘组织又如何才能追踪到Max？而“父亲”在Max身上究竟做了什么？这一切都将在第二季中逐渐揭示。

Max和她的伙伴们将面临种种困难和挑战，为了保护彼此和自己的自由而战。他们必须找到解药来拯救Logan，并且与社会中的陌生人建立起和平共处的关系。但他们也会遭遇到偏见和仇视，因为转基因人的外貌与普通人相差太大。特别是狗人Joshua这样的特殊存在更是引发了人们的各种情绪和反应。

同时，神秘组织不会轻易放过Max。他们将不顾一切地追踪她，试图揭示她身上的秘密。而“父亲”留给她的暗示，暗示着他在Max身上进行了何种实验和设计。

第二季中，故事将逐渐展开，揭示出更多关于Max、Logan和狗人Joshua以及全新X6和X7转基因人的秘密。他们将面对爱情、背叛和自我发现的考验，同时探索转基因人在人类社会中的地位和未来。这场战斗注定不会轻易停止，而Max将成为这个世界的黑暗天使，为自由和正义而战。